Kampania wrześniowa i niewola sowiecka

Do wojska Antoniego zmobilizowano w pierwszych dniach września 1939 roku i trafił do kompani łączności. Brał udział w kampanii wrześniowej. Brał udział w bitwie pod Łomżą, która rozpoczęła się 7 września 1939 roku. Bezpośrednio przed bitwą miasto Łomża było bombardowane nieprzerwanie od 3 września. Niemcy po przerzuceniu części wojsk z Pomorza do Prus Wschodnich uderzyli na linię Narwi, której broniła SGO "Narew". Pierwsze natarcie nastąpiło 7 września, kiedy to Łomża została zaatakowana przez niemiecką 21 Dywizję Piechoty, wchodzącą w skład XXI Korpusu Armijnego generała Falkenhorsta. Siły niemieckie przeprowadziły tego dnia kilka ataków, jednak nie zakończyły się one powodzeniem, gdyż były odpierane przez broniących Łomżę. W obronie uczestniczył 33 Pułk Piechoty, dowodzony przez podpułkownika Lucjana Stanka, wchodzący w skład 18 Dywizji Piechoty, ze szczególnym udziałem I Batalionu (33 pp.), pod dowództwem majora Stanisława Wyderko. W następnych dniach wojska niemieckie były skupione na atakowaniu polskich fortyfikacji m.in. w Piątnicy, które odpierały wszelkie natarcia przeciwnika. Dnia 10 września dowódca 18. Dywizji Piechoty płk. Stefan Kossecki wydał rozkaz do odwrotu, który został przyjęty przez załogę 33 Pułku Piechoty z niedowierzaniem. Broniący Łomży przystąpili do odwrotu, do miejscowości Bacze Mokre. Tego samego dnia padła linia obrony na odcinku Wizna i linia rzeki Narew została zdobyta przez wojska niemieckie.

W drugiej połowie września jego oddział znalazł się w okolicach Zaleszczyk, wraz z cofającymi się pod naporem wojsk niemieckich kilkoma zgrupowaniami wojskowymi. Zaleszczyki położone były w województwie tarnopolskim, nad Dniestrem, na granicy II Rzeczypospolitej z Rumunią. Miasto stało się synonimem klęski wrześniowej w 1939 roku. W świadomości Polaków most zaleszczycki funkcjonuje jako miejsce ucieczki rządu i ewakuacji niedobitków wojska do Rumunii. Byli tam: Prezydent (Ignacy Mościcki), naczelny wódz Edward Rydz-Śmigły, ks. prymas August Hlond, najwyżsi  rangą przedstawiciele administracji, korpus dyplomatyczny i tysiące uchodźców spod frontu. Rumunia już 15 września wyraziła gotowość internowania polskich żołnierzy.

Kiedy sowieci wkroczyli do Polski 17 wrze­śnia 1939 roku , następnego dnia wje­cha­li czołgami do Zaleszczyk. Liczyli na odcięcie drogi ewakuacji polskim władzom cywilnym i woj­sko­wym. Mieli jednak złe in­for­ma­cje: przez Zaleszczyki uszła tylko część kor­pu­su dy­plo­ma­tycz­ne­go, pol­skie wła­dze przeszły zaś na stronę rumuńską w ostat­niej chwili, w nocy z 17 na 18 września przez Kuty.

Oddział, w którym służył Antonii Borkowski, wycofywał się jako jeden z ostatnich. Niestety nie udało mu się dostać do Rumunii i trafił do niewoli sowieckiej. Oficjalny pretekst agresji ZSRR to niezgodne z prawdą oświadczenie o rozpadzie państwa polskiego, ucieczce rządu polskiego, konieczności ochrony mienia i życia zamieszkujących wschodnie tereny polskie Ukraińców i Białorusinów oraz uwalnianiu ludu polskiego od wojny. W konsekwencji ZSRR uznał wszystkie układy zawarte uprzednio z Polską za nieobowiązujące – zawarte z nieistniejącym państwem. Dlatego też odmawiano wziętym do niewoli polskim żołnierzom statusu jeńców wojennych. To właśnie spotkało Antoniego. Pojmanych przewieziono ich do jednego z sowieckich obozów.  Warunki były bardzo ciężkie. Brakowało żywności i było zimno. Sowieci szukali w grupie jeńców oficerów. Żołnierze pozrywali dystynkcje wojskowe. W tej sytuacji selekcja oficerów odbywała się na podstawie oględzin dłoni. Jeżeli nie były zniszczone, Sowieci uznawali ich właścicieli za oficerów i odsyłali do innych obozów. Antoniemu skutecznie udało się zniszczyć dłonie i dzięki  temu prawdopodobnie uniknął śmierci w Ostaszkowie lub Starobielsku.